Para otimizar a eficácia de uma preparação transdérmica, deve-se reduzir a ação sistêmica do fármaco e maximizar a sua ação local.

A biodisponibilidade de um fármaco administrado intravenosamente é de 100%, uma vez que toda a quantidade administrada alcança a circulação sistêmica.

Quando se considera a rota bucal, o medicamento deve ser administrado na região queratinizada da mucosa oral devido à maior permeabilidade comparativamente à região não queratinizada.

A eficácia de aerossóis de uso clínico depende da sua capacidade de penetração no trato respiratório. Por este motivo, deve-se controlar o tamanho de partícula aerodinâmico durante a fase de formulação. Para que se alcancem as regiões alveolares, é obrigatório que os aerossóis apresentem um tamanho de partícula em escala nanométrica.

Fármacos administrados oralmente estão sujeitos ao metabolismo de primeira passagem, ou seja, o fármaco é metabolizado no fígado antes de ser absorvido.