A esterilização por estufa era bastante utilizada anos atrás e, embora não seja a mais indicada na atualidade, para que a esterilização por esse método seja efetiva, deve obedecer a temperatura de 180 graus por duas horas, visto que sua ação é por calor seco.

O método de esterilização exigido pela vigilância atualmente é a autoclavagem. Sua esterilização acontece pelo vapor sob pressão em alta temperatura. Esse processo é capaz de destruir até os esporos bacterianos mais resistentes quando submetidos a 121°C por 15 minutos. 

O indicador biológico é o método mais indicado para se certificar do funcionamento correto da autoclave, pois possui endósporos (não patogênicos) bacterianos viáveis em seu interior. Devem ser utilizados pelos menos uma vez a cada três meses. 

Não é recomendado reutilizar o papel grau cirúrgico, pois a mudança na estrutura do papel após a primeira esterilização não garante a penetração adequada do vapor de água e consequentemente a esterilização.