A biópsia ou ressecção total é realizada sempre que houver suspeita de neoplasia tonsilar, sendo que os tumores mais frequentes incluem o carcinoma de células escamosas e o linfossarcoma, ainda que a cirurgia isolada raramente seja curativa.

A excisão das tonsilas é indicada como tratamento definitivo para a tonsilite crônica, independentemente de causas associadas, pois a remoção elimina o fator de recorrência inflamatória.

A intervenção cirúrgica é preferida nos casos em que a tonsila apresenta hipertrofia leve e transitória, mesmo sem repercussões clínicas significativas, de forma preventiva contra futura obstrução respiratória.

A remoção é considerada essencial em todo quadro de disfagia secundária a doenças esofágicas, visto que a tonsilite costuma ser consequência direta dessas alterações.