O PCMSO deve ser estruturado com base nos riscos ocupacionais identificados no PGR e, no ambiente hospitalar, considerar as exposições específicas previstas na NR-32, devendo contemplar ações de vigilância à saúde compatíveis com os riscos físicos, químicos, biológicos, ergonômicos e psicossociais existentes.

O PCMSO, no setor saúde, deve priorizar os riscos biológicos previstos na NR-32, organizando suas ações de vigilância à saúde a partir dessa exposição, enquanto os riscos físicos, químicos, ergonômicos e psicossociais são tratados de forma complementar no programa.

As medidas de biossegurança e de controle previstas na NR-32 tornam o PCMSO um programa de caráter complementar, restrito ao acompanhamento clínico dos trabalhadores expostos a riscos biológicos no ambiente hospitalar. 

O PCMSO em unidades hospitalares deve ser direcionado prioritariamente aos trabalhadores da assistência direta à saúde, uma vez que são os principais expostos aos riscos específicos previstos na NR-32.