Em laboratório, os materiais provenientes de coletas em ambiente aquático seguem, em geral, os seguintes passos: lavagem, flutuação, triagem e identificação.

Para invertebrados marinhos, a fixação em solução de formol é útil para a maioria dos grupos, mas não para Holothuria, Porifera, Pycnogonida e alguns corais.

A preservação de diversos grupos de invertebrados em álcool 70% é prejudicial ao seu posterior manuseio, recomendando-se, nesses casos, coleções secas.

Em sistemas lóticos, é possível encontrar e capturar uma grande diversidade taxonômica de invertebrados em diferentes estágios do ciclo de vida.

A preservação do DNA para estudos posteriores é desejável, sendo mais eficiente se os organismos ou tecidos forem preservados em álcool absoluto.