O AEE tem como função identificar, elaborar e organizar recursos pedagógicos e de acessibilidade que eliminem as barreiras para a plena participação dos alunos. 

As atividades desenvolvidas no AEE diferenciam-se daquelas realizadas na sala de aula comum, não sendo substitutivas à escolarização.

Contrariando as normativas legais, as instituições privadas que ofertam AEE devem ser comunitárias, confessionais ou filantrópicas sem fins lucrativos, com atuação na educação especial e conveniadas com o Estado e Municípios.

O AEE complementa e/ou implementa a formação dos alunos com vistas à autonomia e independência na escola e fora dela, sendo realizado prioritariamente nas salas de recursos multifuncionais (SEM) da própria escola, em outra escola de ensino regular ou em Centros de Atendimento Educacional Especializado (CAEE) públicos ou privados. 

As atividades do AEE visam ao desenvolvimento de habilidades cognitivas, socioafetivas, psicomotoras, comunicacionais, linguísticas, identitárias e culturais dos estudantes, considerando suas singularidades, as ações pedagógicas realizadas pelo professor especializado visam apoiar as atividades realizadas pelo professor na classe comum.