As boas práticas de funcionamento de serviços de saúde estabelecem que a unidade deve possuir um Plano de Gerenciamento de Resíduos de Serviços de Saúde (PGRSS), visando o manejo adequado desde a geração até a disposição final.

O armazenamento de materiais estéreis pode ser realizado em conjunto com produtos de limpeza e saneantes, desde que as embalagens dos materiais cirúrgicos estejam devidamente seladas e identificadas. 

A limpeza e desinfecção de superfícies em áreas críticas pode ser realizada trimestralmente, sendo o registro dessas atividades opcional para os serviços de saúde de pequeno porte.

A presença de uma Comissão de Controle de Infecção Hospitalar (CCIH) é obrigatória apenas em unidades que realizam procedimentos cirúrgicos de alta complexidade, sendo facultativa em hospitais gerais de médio porte. 

A notificação de eventos adversos graves ocorridos na unidade de saúde deve ser realizada anualmente ao Sistema de Vigilância Sanitária por meio de relatório consolidado em papel.