São objetivos principais da gestão da farmácia hospitalar: garantir o abastecimento, dispensação, acesso, controle, rastreabilidade e uso racional de medicamentos e de outras tecnologias em saúde; assegurar o desenvolvimento de práticas clínico-assistenciais que permitam monitorar a utilização de medicamentos e outras tecnologias em saúde.

A farmácia hospitalar deve participar do gerenciamento de tecnologias, englobando a qualificação de fornecedores, armazenamento, distribuição, dispensação e controle dos medicamentos, outros produtos para a saúde, produtos de higiene e saneantes usados pelos pacientes, em atendimento pré-hospitalar, pré-hospitalar de urgência e emergência, hospitalar (internamento e ambulatorial) e domiciliar. 

A implantação de um sistema racional de distribuição de medicamentos e de outros produtos para a saúde deve ser priorizada pelo estabelecimento de saúde e pelo farmacêutico, de forma a buscar processos que garantam a segurança do paciente, a orientação necessária ao uso racional do medicamento, sendo recomendada a adoção do sistema individual ou unitário de dispensação.

A manipulação magistral e oficinal da nutrição parenteral permite a personalização da terapêutica, utilização de sistemas seguros para a inclusão dos medicamentos antineoplásicos e radiofármacos na nutrição parenteral (individual ou coletiva), além da racionalização dos custos.