O risco de ocorrência de infecção congênita reduz significativamente conforme maior idade gestacional em que a gestante for infectada. 

A doença é mais grave quando o feto é infectado no primeiro trimestre de gestação e geralmente leve ou assintomática no feto infectado durante o terceiro trimestre.

PCR positiva no líquor pode confirmar o diagnóstico, por ter alta sensibilidade. 

A presença de anticorpos IgM ou IgA no sangue do RN demonstra a infecção congênita, uma vez que cruza a placenta. A ausência de IgM afasta a infecção congênita, pois dependendo do momento da infecção materna, os anticorpos IgM específicos podem desaparecer antes do nascimento. 

O tratamento da toxoplasmose congênita é realizado apenas com a combinação de pirimetamina e sulfadiazina.