Durante o período inicial de dois anos (um ano para crianças e adolescentes), os sintomas precisam ser persistentes (presentes na maioria dos dias), e qualquer intervalo sem sintomas não pode durar mais do que dois meses. O diagnóstico de transtorno bipolar tipo II é feito somente quando os critérios para episódio depressivo maior, maníaco ou hipomaníaco nunca foram satisfeitos.

Se um indivíduo com transtorno bipolar tipo II subsequente (i.e., após os primeiros dois anos em adultos e um ano em crianças e adolescentes) apresenta um episódio depressivo maior, maníaco ou hipomaníaco, o diagnóstico muda para transtorno depressivo maior, transtorno bipolar tipo I, outro transtorno bipolar e transtorno relacionado especificado ou transtorno bipolar e transtorno relacionado não especificado (subclassificado como episódio hipomaníaco sem episódio depressivo maior anterior), respectivamente, e o diagnóstico de transtorno bipolar tipo II é abandonado. 

O diagnóstico do transtorno bipolar tipo II não é feito se o padrão de mudanças do humor é mais bem explicado por transtorno esquizoafetivo, esquizofrenia, transtorno esquizofreniforme, transtorno delirante, outro transtorno do espectro da esquizofrenia e outro transtorno psicótico especificado ou transtorno do espectro da esquizofrenia e outro transtorno psicótico não especificado, caso em que os sintomas de humor são considerados características associadas ao transtorno psicótico. 

O transtorno bipolar tipo II caracteriza-se por um curso clínico de episódios de humor recorrentes, consistindo em um ou mais episódios depressivos maiores e pelo menos um episódio hipomaníaco. O episódio depressivo maior deve ter duração de pelo menos duas semanas, e o hipomaníaco, de, no mínimo, quatro dias, para que sejam satisfeitos os critérios diagnósticos.

O transtorno bipolar tipo II tem como característica essencial a cronicidade e a oscilação do humor, envolvendo vários períodos de sintomas hipomaníacos e períodos de sintomas depressivos distintos entre si. Os sintomas hipomaníacos têm número, gravidade, abrangência ou duração insuficientes para preencher a todos os critérios de um episódio hipomaníaco; e os sintomas depressivos têm número, gravidade, abrangência ou duração insuficientes para preencher a todos os critérios de um episódio depressivo maior.