Os antígenos e alelos de HLA são detectados por testes citológicos. Para os de classe I utilizam-se testes de raspado bucal e para os de classe II, o método de histotoxicidade mediada por anticorpo e dependente do complemento

Em seres humanos, o MHC é denominado sistema HLA (Human Leukocyte Antigens). Os genes do sistema HLA têm sido didaticamente agrupados em três regiões: classe I, II e III, sendo as duas primeiras referentes aos genes envolvidos com a resposta imune

As técnicas de biologia molecular detectam não os alelos ou grupos de alelos polimórficos, mas os próprios antígenos HLA

As moléculas codificadas pelo sistema HLA são responsáveis pela apresentação dos antígenos, sendo que os antígenos só reconhecem as moléculas de HLA quando estas estão ligadas aos linfócitos