A eletroforese é uma metodologia pouco empregada para a separação, isolamento, análise e manipulação dos ácidos nucleicos. 

Os ácidos nucleicos possuem uma carga geral total positiva devido aos seus grupamentos fosfato do arcabouço.  

Em condições apropriadas os fragmentos maiores migrarão mais facilmente do que os pequenos. 

Os resultados da genotipagem automatizada baseada em fluorescência são menos informativos, pois permite a detecção de vários produtos amplificados de forma simultânea, o que diminui o custo das análises e o tempo de leitura por amostra. 

A eletroforese capilar é amplamente utilizada e possui o mesmo princípio que a da eletroforese em gel analisados por laser, com a diferença de que possui capilares para a separação eletroforética dos fragmentos de DNA.