São as seguintes as etapas de planejamento de uma auditoria operacional: especificação dos critérios, sistematização dos instrumentos de coleta de dados, teste final e elaboração do projeto.

Um exemplo de ferramenta de controle de qualidade na execução de uma auditoria operacional é a matriz de achados, que, entre outros usos possíveis, auxilia no exame de evidências, causas e efeitos e demais elementos do relatório de auditoria.

Comparadas às auditorias de regularidade, as auditorias operacionais são menos flexíveis na escolha de temas, objetos de auditoria e metodologias de trabalho.

O monitoramento de uma auditoria operacional consiste no exame da situação existente, identificada e documentada durante a execução dos trabalhos.

Em auditoria operacional, o requisito eficácia refere-se ao alcance dos resultados pretendidos por prazo indeterminado.