O grau de penetração do micro-ondas é proporcional ao seu comprimento de onda e inversamente proporcional à sua frequência.

O aquecimento produzido pelo micro-ondas é devido à rotação de dipolos e distorção molecular.

O micro-ondas permite a escolha da dose de aplicação na forma contínua ou pulsada, sendo assim uma dose mais baixa é usada em condições agudas (modo pulsado) e uma dose mais alta para condições crônicas (modo contínuo).

A energia do micro-ondas tem uma predisposição de penetrar em tecidos com baixa condutividade elétrica e ser absorvida por tecidos com alta condutividade. 

Pelo fato da antena ser posicionada próxima ao corpo do paciente e a intensidade ser alterada pelo ajuste do controle da variável de potência, pequenas mudanças na distância entre a antena e o corpo resultarão em grandes mudanças na potência.