A eficiência do tratamento biológico em lagoas de estabilização, que depende de múltiplos fatores ambientais e hidráulicos, não pode ser analisada considerando-se as condições locais de implantação do sistema.

O desempenho biológico das lagoas de estabilização pode apresentar variações sazonais associadas a fatores ambientais, como temperatura e radiação solar, sendo esses fatores determinantes diretos da estabilização da matéria orgânica no sistema.

O funcionamento biológico das lagoas de estabilização é suficiente para promover a estabilização da matéria orgânica, desde que haja interação adequada entre bactérias e algas, permitindo a oxidação biológica e a reposição de oxigênio no sistema ao longo do tempo de detenção hidráulica. 

A remoção da matéria orgânica em lagoas de estabilização envolve processos físicos e biológicos, sendo a sedimentação um mecanismo relevante apenas nas etapas iniciais do tratamento.

A atividade bacteriana, independentemente da interação com algas, exerce papel relevante na estabilização da matéria orgânica em lagoas de estabilização, estando sua eficiência condicionada às condições ambientais e à disponibilidade de oxigênio no sistema.