CÁRIE DE SUPERFÍCIE LISA - Este tipo de lesão tem uma microbiota bem caracterizada. Os microrganismos encontrados com maior frequência são o Streptococcus mutans e S. salivarius. Apesar do S. mutans ser um constituinte minoritário no biofilme (2 a 7%), ele é considerado o principal agente etiológico pelo seu grande potencial cariogênico. Além desses, o S. sobrinus também pode ser isolado em cárie de superfícies lisas, exercendo papel importante no processo da cárie.

CÁRIE DE DENTINA - Ao exame da lesão cariosa que atinge a dentina observa-se material necrótico e colonização de bactérias acidogênica e acidúricas Gram positivas. As bactérias na dentina habitam preferencialmente a área necrótica mole e áreas mais profundas. Na área profunda da lesão há predomínio de bastonetes Gram positivos, tais como: Lactobacillus, Propionibacterium Eubacterium, observando-se um menor número de S. mutans e bactérias Gram negativas. 

CÁRIE DE SUPERFÍCIE DE RADICULAR A cárie de raiz é uma lesão mole e progressiva da superfície radicular que envolve biofilme e invasão microbiana. Streptococcus mutans, Lactobacillus acidophilus e Actynomyces israelli tem sido considerados agentes primários de cáries de superfície radicular em humanos.

CÁRIE DE CEMENTO - Amostras bacterianas de cárie cementárias mostram predominância de Actinomyces viscosus, mas quando a dentina amolecida subjacente é cultivada, espécies como A. viscosus, A. naeslundii e A. odontolyticus são isoladas. Outros microrganismos também são encontrados, incluindo S. mutans. 

CÁRIE DE SULCO E FISSURAS - São os tipos de lesão mais comuns nos humanos. Tem sido observado que cocos são as formas predominantes nestas lesões. Inicialmente o S. mutans e Lactobacilos predominam, com o envelhecimento do biofilme aumenta o número de S. sanguis, que são considerados os principais agentes etiológicos.