Para o surgimento da doença periodontal é fundamental que ocorra o desequilíbrio entre as agressões do biofilme e a resposta do hospedeiro. Esse desequilíbrio está profundamente relacionado ao acúmulo de biofilme e alterações na sua composição. A disbiose é a alteração na proporção relativa das espécies de uma comunidade associada ao desenvolvimento de doenças, como ocorre na periodontite. Corresponde ao novo ambiente formado pelas alterações ecológicas da bolsa periodontal: