A localização da neoplasia é fator prognóstico. Na espécie felina, os localizados na região de cabeça apresentam prognóstico reservado, enquanto em cães, mastocitomas localizados na região inguinal e prepucial apresentam comportamento mais benigno.

A graduação do mastocitoma pelo exame citopatológico, seguindo critérios de (Patnaik et al., 1984 e Kiupel et al., 2011) é importante para se determinar o estadiamento, terapêutica e prognóstico.

Diferentemente do que ocorre em cães, felinos portadores de mastocitoma de baixo grau devem realizar quimioterapia, preferencialmente utilizando lomustina como primeira opção. 

A abordagem cirúrgica deve ser sempre a primeira opção. Mastocitomas grau II e III sempre recidivarão, se as margens cirúrgicas estiverem comprometidas. Nesses casos, os animais respondem muito bem apenas à radioterapia.

Inibidores de tirosina quinase (toceranib e masitinib) são fármacos utilizados para o tratamento de mastocitoma em cães inibindo a proliferação celular e angiogênese.