O Ministério de Desenvolvimento acompanhará, através de seu sistema de auditoria, a conformidade à programação aprovada da aplicação dos recursos repassados a Estados e Municípios. 

Na esfera federal, os recursos financeiros, originários do Orçamento da Seguridade Social, de outros Orçamentos da União, além de outras fontes, serão administrados pelo Ministério da Saúde, através do Comitê Federal de Saúde.

As receitas geradas no âmbito do Sistema Único de Saúde (SUS) serão creditadas diretamente em contas especiais, movimentadas pela sua direção, na esfera de poder onde forem arrecadadas.

Os recursos financeiros do Sistema Único de Saúde (SUS) serão depositados em conta especial, em uma única esfera de sua atuação, e movimentados sob fiscalização dos respectivos Conselhos de Saúde.