A imunoglobulina D (IgD) do leite tem papel decisivo na formação da flora intestinal do bebê, impedindo que bactérias patogênicas se instalem e proliferem no início da vida. 

O leite materno é rico em imunoglobulina A secretora (IgA) e oligosacarídeos, que protegem o trato gastrointestinal, modulam a microbiota intestinal e ajudam a reduzir o risco de infecções precoces. 

O colostro e o leite maduro apresentam composição que pouco varia ao longo do período de lactação, evitando-se assim que o desenvolvimento do sistema imune intestinal do bebê seja afetado por questões ambientais da mãe. 

O leite materno contém altas concentrações de proteínas intactas oriundas da alimentação materna, contribuindo assim para o desenvolvimento de alergias alimentares precoces. 

As moléculas de IgA do leite se apresentam na forma de pentâmeros, capazes de se ligar com muitos antígenos diferentes simultaneamente e assim impedindo a super infecção intestinal dos bebês.