O bloco de financiamento para a Assistência Farmacêutica é constituído pelo Componente Básico da Assistência Farmacêutica, pelo Componente Estratégico da Assistência Farmacêutica, pelo Componente Especializado da Assistência Farmacêutica e pelo Componente da Assistência Farmacêutica em oncologia.

O financiamento do Componente Básico da Assistência Farmacêutica é de responsabilidade exclusiva da União, e os valores a serem repassados para financiar a aquisição dos medicamentos e insumos são definidos com base no Índice de Desenvolvimento Humano Municipal (IDHM).

O financiamento do Componente Especializado da Assistência Farmacêutica é organizado em três grupos principais (1A, 1B e 2), sendo que os medicamentos pertencentes ao Grupo 1 são financiados pelo Ministério da Saúde, sendo o Grupo 1A na forma de transferência de recursos financeiros e o Grupo 1B na forma de aquisição centralizada.

O Componente Especializado da Assistência Farmacêutica destina-se ao financiamento de ações de assistência farmacêutica de programas de saúde, como antirretrovirais do programa DST/aids e medicamentos do Programa Nacional para a Prevenção e o Controle das Hepatites Virais.

Os imunobiológicos, utilizados principalmente em ações de prevenção e controle de doenças, integram o Componente Especializado da Assistência Farmacêutica, sendo financiados para o tratamento de doenças de alta complexidade, com aquisição descentralizada pelos estados.