A PNAF deve ter como objetivo a descentralização das ações de saúde, visando à fragmentação e desarticulação dos programas de Assistência Farmacêutica. 

A PNAF deve englobar a modernização e ampliar a capacidade instalada e de produção dos Laboratórios Farmacêuticos Oficiais, visando o suprimento do SUS e o cumprimento de seu papel como referência de custo e qualidade da produção de medicamentos, incluindo-se a produção de fitoterápicos.

A Assistência Farmacêutica trata de um conjunto de ações voltadas à promoção, proteção e recuperação da saúde coletiva, não abrangendo intervenções no âmbito individual, garantindo assim os princípios da universalidade.

As ações de Assistência Farmacêutica, no contexto da Atenção Farmacêutica, devem seguir protocolos padronizados e uniformes, não permitindo a consideração das especificidades biopsicossociais dos sujeitos, a fim de garantir resultados mensuráveis e a racionalidade da farmacoterapia.

A Assistência Farmacêutica é uma política pública norteadora para outras políticas inerentes ao SUS e cuja implantação envolve apenas o setor público, sendo que o setor privado deve ser norteado por suas políticas próprias de atenção à saúde.