A ressecção cirúrgica deve garantir margens macroscópicas livres, não sendo necessária a linfadenectomia regional de rotina, uma vez que a disseminação linfática é extremamente rara (exceto em crianças ou GISTs sindrômicos).

O uso de Imatinibe neoadjuvante é contraindicado em tumores de grandes dimensões, pois a necrose tumoral rápida pode levar à perfuração gástrica e peritonite.

A ruptura da pseudocápsula tumoral durante a cirurgia não altera o estadiamento ou o prognóstico, desde que todo o tumor visível seja removido posteriormente. 

A enucleação simples do tumor (retirada apenas do nódulo sem margem de tecido gástrico saudável) é a técnica de escolha para GISTs gástricos de qualquer tamanho para preservar a função do órgão.