A reabsorção óssea observada nas lesões periapicais ocorre por um desequilíbrio entre a atividade de osteoclastos e osteoblastos. 

A persistência da microbiota intra-canal pode induzir a formação do granuloma apical. 

A lesão se inicia por hiperemia e edema no pericemento apical com a infiltração de células inflamatórias crônicas, com muitos macrófagos, plasmócitos, linfócitos B e T, além da presença de células não-inflamatórias como fibroblastos, osteoblastos e células endoteliais.

O granuloma apical típico é, quase sempre, circundado por uma cápsula fibrosa, com feixes condensados de colágeno adjacente ao osso. 

A inflamação e a consequente diminuição da vascularização do tecido induzem a reabsorção óssea próxima à área apical, tornando-a radiograficamente visível.