É conhecido como a maior planície inundável do planeta. O solo é muito permeável, formado por partículas originadas de terrenos mais baixos que cercam o pantanal e muito fértil devido à decomposição de matéria orgânica.

Tem paisagem típica assemelhada à da Caatinga, embora haja mais árvores na borda próxima à Amazônia. Apesar de abranger uma região pequena, a biodiversidade do Pantanal é grande.

Durante as enchentes, com a morte dos vegetais submersos, há um acúmulo de matéria orgânica nas águas, que serão decompostas por bactérias. O processo de decomposição pode ser tão intenso que consome todo o oxigenio dissolvido na água causando a morte de diversos organismos aquáticos. Esse fenômeno é denominado dequada.

O Pantanal não apresenta estações de inverno e verão bem definidas. A temperatura local costuma ser alta, com média de 25ºC.