O diagnóstico laboratorial da amebíase na rotina dos laboratórios clínicos é baseado no exame parasitológico de fezes, no qual é realizada a pesquisa de formas evolutivas de várias amebas do gênero Entamoeba. A espécie considerada capaz de causar doença, E. histolytica, era anteriormente considerada uma única espécie que compreendia cepas patogênicas e cepas não patogênicas. Recentemente, evidências foram encontradas reclassificando esse protozoário em duas espécies morfologicamente idênticas: a potencialmente patogênica E. histolytica e a não patogênica E. dispar. Essa reclassificação trouxe a necessidade de se reavaliar a epidemiologia da amebíase, devido à alta frequência de E. dispar, sendo indevidamente diagnosticada como E. histolytica. Como consequência, atualmente, quando se observa o cisto característico nas fezes do paciente na microscopia óptica, ele é considerado complexo E. histolytica/E.dispar. Como essa técnica não é capaz de diferenciar entre essas duas espécies, ensaios moleculares podem ser empregados na busca de métodos diagnósticos mais sensíveis, específicos e rápidos. Nesse sentido, das técnicas abaixo, todas podem identificar a espécie patogênica por meio direto, EXCETO: