Os efeitos resultantes da introdução de poluentes no meio aquático dependem da natureza do poluente introduzido, do caminho que esse poluente percorre no meio e do uso que se faz do corpo de água.

O impacto do despejo de esgotos domésticos em corpos de água ocorre principalmente pela diminuição da concentração de oxigênio dissolvido na água. 

A matéria orgânica biodegradável lançada na água é degradada pelos organismos decompositores presentes meio aquático. 

Um exemplo de problema relacionado à presença de metais em corpos d’água é o mal de Minamata, ocorrido no Japão. Nesse caso, o lançamento de metilmercúrio nas águas afetou a população local que consumia peixes contaminados, resultando em grande número de mortes e deformações genéticas.

Os poluentes podem ser introduzidos no meio aquático de forma pontual ou difusa, sendo a forma pontual mais difícil de ser identificada, portanto, o seu controle é menos eficiente e mais lento.