O médico do trabalho pode delegar a terceiros a responsabilidade pela implementação do PCMSO, desde que os relatórios anuais sejam assinados por ele e enviados ao Ministério do Trabalho.

O PCMSO deve estar articulado com as diretrizes do Programa de Gerenciamento de Riscos (PGR), buscando prevenir, rastrear e diagnosticar precocemente agravos à saúde relacionados aos riscos ocupacionais identificados.

Os exames complementares previstos no PCMSO devem ser determinados com base na solicitação do empregador, sendo facultada a avaliação técnica do médico do trabalho quanto à exposição do trabalhador a riscos específicos. 

O objetivo principal do PCMSO é atender às exigências legais de exames médicos periódicos, sendo recomendada e facultativa a implementação de medidas de prevenção, diagnóstico e monitoramento de doenças relacionadas ao trabalho.

O PCMSO deve ser elaborado, exclusivamente, pelo médico coordenador da empresa, podendo ou não estar articulado com o Programa de Prevenção de Riscos Ambientais (PPRA) ou outros programas de gestão de saúde e segurança do trabalho.