O HPV é uma das Infecções Sexualmente Transmissíveis menos frequentes no mundo, no entanto o risco estimado para a exposição a essa infecção é de 15% a 25% para cada nova parceira.

Em grande parte dos casos, a infecção é autolimitada e transitória, sem causar qualquer dano. A maioria das pessoas que entra em contato com o HPV, se não desenvolverem lesões clínicas e não realizarem testes laboratoriais, poderá nunca ter a infecção diagnosticada.

A prevalência é maior em mulheres mais velhas, quando comparadas com mulheres com menos de 30 anos, no entanto a maioria das infecções (sobretudo quando em adolescentes) não tem resolução espontânea e o tratamento deve ser imediato.

O tempo médio entre a infecção pelo HPV de alto risco e o desenvolvimento do câncer cervical é de aproximadamente 3 anos, independente do tipo, carga, capacidade de persistência viral e o estado imunológico do hospedeiro. A infecção por um genótipo de HPV pode proteger contra a infecção por outros tipos de HPV.

O HPV está envolvido em aproximadamente 50% dos casos de câncer cervical, sendo, em percentual, maior em outros locais: 95% de ânus, 70% de vulva, 70% de vagina, 85% de pênis e 60% de orofaringe.