Em casos de pacientes emergenciais na unidade de saúde, a equipe de Assistência Farmacêutica pode ser destituída para priorizar o manejo racional de recursos e pessoal.

As equipes de Assistência Farmacêutica podem conter profissionais da saúde que não sejam farmacêuticos, desde que por tempo provisório e comunicado previamente à Secretaria Estadual de Saúde. 

A estruturação da Assistência Farmacêutica deve ter, segundo as especificações regionais, o material e o pessoal conforme a demanda de cada unidade de saúde, assegurando o desenvolvimento de suas competências. 

A criação de uma equipe provisória de Assistência Farmacêutica obriga as Secretarias Estaduais de Saúde a dar autonomia para as unidades de saúde decidirem a gerência, a superintendência ou a coordenação da sua estrutura organizacional.

Apesar do aspecto multidisciplinar dos profissionais pertencentes à equipe de Assistência Farmacêutica, tanto o profissional médico quanto o farmacêutico podem ser escolhidos pela Secretaria Estadual de Saúde como responsáveis técnicos e gestores dos trabalhos desenvolvidos pela equipe.