Sabe-se que no interior da célula acontece a redução do nitrato em amônia a qual requer energia, em contraste com o processo de nitrificação que envolve oxidação (do NH4 +) e liberação de energia. Os íons amônio formados pelo processo de redução são transferidos a compostos carbonados para produção de aminoácidos e outros compostos orgânicos nitrogenados. Este processo é conhecido como: