A microbiota associada a dentes com necrose pulpar apresenta um número restrito de espécies quando comparada com a microbiota subgengival ou supragengival, o que evidencia as pressões seletivas que operam no interior do sistema de canais e lesões peripaicais.

Os microrganismos mais prevalentes nas perioapicopatias e infecções endodônticas pertencem aos gêneros Streptococcus, Actinomyces, Lactobacillus, Fusobacterium, Peptostreptococcus, Prevotella, Eubacterium e Veillonella, os quais constituem parte da microbiota autóctone da cavidade bucal.

A microbiota associada nas lesões periapicais evidencia predomínio de microrganismos anaeróbicos, com um relativo equilíbrio entre bactérias Gram-negativas e Gram-positivas, sendo que essas últimas tendem a aumentar durante o curso da infecção endodôntica e periapical.

Microrganismos de baixa virulência podem vir a sobreviver no interior das lesões granulomatosas periapicais e formar estruturas de biofilme elaboradas na superfície externa da raiz, o que limitaria a efetividade dos procedimentos mecânicos e curativos de demora empregados em endodontia.