Amostras que são boas condutoras de eletricidade devem ser revestidas por uma camada fina de metal, geralmente Au, ou por carbono antes de serem analisadas no MEV. 

Imagens obtidas por MEV são formadas a partir da interação entre os elétrons do feixe eletrônico do equipamento e os átomos da amostra. 

Para se obter uma análise semiquantitativa da composição química de determinadas regiões da superfície da amostra, é comum acoplar ao MEV um equipamento de espectrometria por dispersão de energia (EDS).

Sinais obtidos por elétrons secundários são utilizados quando se desejam imagens detalhadas da morfologia da superfície da amostra, enquanto que sinais produzidos por elétrons retroespalhados fornecem imagens com diferentes tonalidades da cor cinza, indicando a presença de diferentes compostos.