Na investigação clínica do primeiro episódio psicótico em crianças e adolescentes, o uso de exames de imagem e testes laboratoriais são desnecessários caso haja história familiar de psicose.

Do ponto de vista neurobiológico, a redução generalizada do volume cortical, especialmente em áreas frontotemporais e hipertrofia do hipocampo e da amigdala são achados consistentes de neuroimagem associada a esquizofrenia de início precoce. 

Déficits na teoria da mente e prejuízo da sociabilidade desde os primeiros anos de vida são os principais sintomas que diferenciam o transtorno do espectro do autismo da esquizofrenia de início precoce.

Ao contrário da esquizofrenia de início precoce, as experiências psicóticas na infância são comuns, mas podem não representar preocupação clínica, pois a maioria delas é transitória.