Refere-se ao conjunto de procedimentos que objetiva adequar a estrutura física, tecnológica e de recursos humanos das UBS às necessidades de saúde da população de cada território. 

Os parâmetros de estrutura devem levar em consideração apenas a densidade demográfica; o perfil da população, e as ações e serviços de saúde a serem realizados.

As UBS devem ser construídas de acordo com as normas sanitárias e tendo como referência as normativas de infraestrutura vigentes. Devem, ainda, ser cadastradas no Sistema Eletrônico do SUS e no Sistema de Informação da Atenção Básica. 

Para um ambiente adequado em uma UBS, existem componentes que atuam como modificadores e qualificadores do espaço, recomenda-se contemplar: recepção com grades (para garantir privacidade à pessoa), identificação dos serviços existentes, cronograma de atendimento, conforto térmico e acústico, e espaços adaptados para as pessoas com deficiência.