Após cada atendimento, todos os materiais utilizados devem ser levados para a sala de materiais, para passar pelo processo de limpeza, desinfecção ou esterilização. 

A limpeza é realizada com o objetivo de retirar os resíduos de matéria orgânica que possam ficar presentes nos materiais para que não interfiram na qualidade dos processos de desinfecção e esterilização. 

A limpeza dos materiais pode ser realizada através de métodos mecânicos, físicos ou químicos. 

Devem ser utilizadas barreiras de proteção pelo profissional que exerce a limpeza dos materiais, através de luvas de borracha grossas e de cano longo, máscaras e óculos de proteção, em situações de possibilidade de espirramento de secreções.

A desinfecção e/ou esterilização através de agentes químicos, apresenta-se como o método mais seguro e confiável, pois sofre pouca ou nenhuma interferência de fatores externos.