Complicações metabólicas observadas nos doentes com fístula enteral refratária de elevado débito inclui anormalidades eletrolíticas, acidose D-láctica, desnutrição e osteoporose.

Fistuloclise (alimentação através do orifício da fístula) pode ser considerada em fístula enteral proximal.

Maioria das fístulas enterais de baixo débito fecham em até 2 semanas de evolução.

Fístulas enterais costumam ser uma das formas de apresentação de doença de Crohn grave, exigindo eventuais ressecções de segmentos do intestino. Síndrome do intestino curto dificilmente ocorrerá se o intestino delgado remanescente for superior a 200 cm.

Fístulas êntero-atmosféricas raramente evoluem com fechamento espontâneo, necessitando intervenção cirúrgica.