A manifestação cardinal da FM é dor musculoesquelética difusa e dentre as comorbidades mais frequentes podemos citar depressão, ansiedade, síndrome da fadiga crônica, síndrome miofascial, síndrome do cólon irritável e síndrome uretral inespecífica.

Queixa de parestesia e edema articular são comuns, porém, ao exame físico, a menos que haja um distúrbio neurológico concomitante, como síndrome do túnel do carpo ou radiculopatia cervical, a avaliação neurológica detalhada costuma ser normal e não há evidência clínica de sinovite. 

Os distúrbios cognitivos e de humor não estão presentes na maioria dos pacientes.

Os múltiplos sintomas inespecíficos de FM podem imitar muitas outras condições. No entanto, história e exame físico, bem como testes de laboratório, quase sempre são suficientes para diferenciar FM de outras condições, tais como artropatias sistêmicas inflamatórias, espondiloartrites, doenças autoimune do tecido conectivo, polimialgia reumática ou miopatias.