Na morte do tronco encefálico, determinando o quadro clínico e evolutivo de morte encefálica, não há necessariamente, e de imediato, a morte das estruturas telencefálicas, que compõem os hemisférios cerebrais, o cérebro propriamente dito. O teste de apneia tem por objetivo a estimulação do centro respiratório pela elevação crítica dos níveis de CO2, sem reduzir a oxigenação sanguínea a valores de risco para o SNC e demais órgãos. Durante o teste de apneia: