O controle de qualidade interno é realizado no momento da introdução de um novo equipamento no laboratório, e permite avaliar a acurácia, a imprecisão, a linearidade e o limite de detecção do ensaio.

O controle de qualidade externo consiste na validação inicial do equipamento realizada pelo fabricante, cujos resultados são apresentados na bula do equipamento, referentes à acurácia, à imprecisão, à linearidade e ao limite de detecção do ensaio.

O controle de qualidade interno permite controlar a imprecisão do ensaio, enquanto o controle de qualidade externo objetiva avaliar sua acurácia. 

A periodicidade de realização do controle de qualidade interno deve ser anual, e os resultados devem ser comparados com os do ano anterior, permitindo traçar uma estratégia para o ano seguinte.

Devido aos elevados custos determinados pelos controles de qualidade, é uma boa prática que o laboratório clínico escolha trabalhar com o controle interno ou com o controle externo, mas é desnecessário realizar ambas as modalidades.