O Processo de Auditoria Governamental engloba as fases de Determinação; Planejamento; Descentralização; Elaboração Procedimental e Finalização. Nesta última consta a emissão de opinião, que pode ser pela Aceitação ou Desconsideração do Relatório apresentado.

As Auditorias de Regularidade objetivam verificar se os servidores em exercício nos órgãos central, setoriais, unidades regionais ou setoriais do Poder Executivo Federal, sobre informações obtidas por meio de exame de processos e por meio eletrônico, encontram-se regularmente em exercício, gozando dos plenos direitos que a carreira oferece.

As Auditorias Operacionais objetivam examinar a economicidade, eficiência, eficácia e efetividade de organizações, programas e atividades governamentais, com a finalidade de avaliar o seu desempenho e de promover o aperfeiçoamento da gestão pública.

O Controle Interno é órgão de assessoria e não deve emitir qualquer relatório que venha a causar problemas na imagem da organização pública à qual está vinculado, sendo responsável pelo zelo e bom funcionamento da mesma.

O Tribunal de Contas da União, que é órgão vinculado ao Poder Judiciário, somente deve expressar sua opinião em julgamento de processo de Auditoria no qual estejam presentes todos os seus membros e quando provocado por Ação Direta movida exclusivamente pela população.