A principal diferença entre o quadro de esquizofrenia e o transtorno psicótico esquizofreniforme agudo se dá na duração do tempo do primeiro episódio de surto psicótico, sendo superior a um mês no transtorno psicótico esquizofreniforme agudo e inferior a um mês na esquizofrenia.

Nos transtornos esquizoafetivos, a presença de sintomas afetivos e esquizofrênicos ocorre simultaneamente ou dentro de um período de poucos dias entre eles.

A distimia (F34.1) é um quadro de depressão crônica, podendo preencher critérios para o transtorno depressivo recorrente (leve ou moderado), em termos de gravidade e de duração de episódios.

Sob a classificação de F06.3 estão os transtornos orgânicos do humor, que são alterações no humor ou no afeto, devendo estar associados ao uso recente de substâncias psicoativas.

Os transtornos invasivos do desenvolvimento correspondem ao grupo de transtornos caracterizados por anormalidades qualitativas da interação social recíproca, em padrões de comunicação, e por repertório de interesses e atividades restrito, estereotipado e repetitivo. Seu quadro não representa gravidade no seu desenvolvimento, remitindo após intervenção psicológica ou psicopedagógica.