As infecções são as maiores causas de morbimortalidade em crianças com câncer. As causas são multifatoriais e variam de acordo com a doença de base e os esquemas quimioterápicos utilizados. 

Muitas vezes, a infecção se expressa apenas por febre. Nem sempre os sintomas e sinais clássicos de infecção estão presentes, como hiperemia, calor e dor. 

Os sítios mais comuns de infecção são o trato digestivo, o trato respiratório, principalmente seios paranasais e pulmões, os locais de procedimentos invasivos, como acessos venosos, pele e tecido subcutâneo.

Vários estudos mostram a importância da antibioticoterapia para pacientes neutropênicos e com febre na redução da mortalidade por infecções, devendo se aguardar os resultados das culturas para iniciar o uso dos antibióticos. 

A profilaxia para Pneumocysti carinii é indicada para todos os pacientes com câncer que irão se submeter à quimioterapia, assim como o uso de antiparasitário antes de iniciar o tratamento quimioterápico.