O Serviço de FTP, cuja arquitetura foi redesenhada no IIS 6.0, colaborou em muito para a confiança na estabilidade e disponibilidade dos seus diversos serviços. No aspecto de segurança, a versão 6.0 do IIS inclui o isolamento de usuários para auxiliar os administradores e, particularmente, os provedores de hospedagem na Internet a manter a segurança e a eficiência dos serviços FTP e oferecer a seus clientes diretórios individuais de FTP, para fazer o upload de arquivos e de conteúdo da Web. O isolamento de usuários de FTP tem por consequência direta: