Os sinais e sintomas do hipotireoidismo em lactantes e crianças maiores diferem daqueles em crianças menores e adultos. Se a deficiência de iodo ocorrer tardiamente durante a gestação, os lactentes podem apresentar deficit grave de crescimento, aspectos faciais grosseiros, deficiência intelectual e espasticidade. No início, alguns lactentes hipotireoideos apresentam nenhum ou poucos sinais ou sintomas e são detectados por meio de triagem neonatal.

A tireoidite autoimune ocorre durante a infância e adolescência tardias. Cerca de 50% das crianças afetadas têm história familiar significativa de doença tireoidiana autoimune. 

O hipotireoidismo grave congênito, mesmo quando tratado de imediato, pode causar problemas sutis de desenvolvimento e perda neurossensorial da audição. A perda da audição pode ser tão leve que nem é avaliada na triagem inicial, mas pode interferir na aquisição da linguagem. É aconselhável reavaliar a criança para o diagnóstico de perda sutil da audição.

A reposição de hormônios tireoidianos só deve ser administrada na forma de comprimido, que pode ser esmagado e transformado em pasta para lactentes; ela não deve ser administrada simultaneamente com fórmulas de soja, ou suplementos de ferro ou cálcio, todos os quais podem diminuir a absorção dos hormônios tireoidianos.

Crianças maiores podem ser monitoradas mais frequentemente se há preocupações em relação à adesão. Após um ajuste da dose em crianças maiores, os níveis de TSH e T4 são medidos em 6 a 8 semanas.