A produção de fatores de virulência por Trypanosoma cruzi durante a fase aguda inibe fortemente a resposta do sistema imunológico do hospedeiro, induzindo anergia e exclusão clonal de linfócitos T, além de uma forte estimulação policlonal de linfócitos B que secretam anticorpos com baixa afinidade para antígenos de Trypanosoma cruzi.

Na fase crônica, os mecanismos por trás da transição da fase assintomática para a fase sintomática ainda não foram totalmente elucidados. No entanto, acredita-se que haja muitos fatores envolvidos, como diferenças entre cepas de Trypanosoma cruzi, carga parasitária, tempo de infecção, antecedentes genéticos e resposta imune do hospedeiro.

A fase aguda possui um período de incubação de 4 a 14 dias, a partir da inoculação do parasita, e uma duração de 2 a 4 meses. Por ser um período de clínica extremamente indefinida, pode ser caracterizada pela ausência de sintomas em 95% dos casos, ou ainda por sintomas que possam ser semelhantes a uma síndrome gripal leve.

Não há contraindicação à doação de sangue nos pacientes com a presença dos anticorpos anti-Trypanossoma, mas é necessário que os pacientes soropositivos sejam encaminhados para a avaliação médica, para que sejam realizados testes complementares com o intuito de confirmar o diagnóstico da doença de Chagas.

As manifestações sistêmicas que podem ocorrer incluem: febre, astenia, adinamia, mialgia, artralgia, dor de cabeça, miocardite e hepatoesplenomegalia. A miocardite pode ocorrer com ou sem manifestações de comprometimento cardíaco, como taquicardia, ritmo galopar, prolongamento do intervalo PR e/ou QT, diminuição da tensão QRS, contrações ventriculares prematuras, bloqueio de ramo direito, alterações da onda T, pericardite, tamponamento cardíaco e insuficiência cardíaca.