A análise de imidacloprido por GC-MS/MS seria mais adequada, já que compostos polares respondem melhor a detector de espectrometria de massas acoplado à cromatografia a gás.

Compostos voláteis e termicamente estáveis, como o clorpirifós, são preferencialmente analisados por GC-MS/MS, enquanto compostos polares, como o imidacloprido, são analisados por LC-MS/MS.

O uso de GC-MS/MS para todos os compostos é o mais indicado, pois a espectrometria de massas acoplada à cromatografia líquida é limita pelo elevado efeito matriz para este tipo de análise.

Mancozebe é um composto muito volátil, o que explica sua não detecção. 

A detecção de agrotóxicos não exige conhecimento da estrutura química dos compostos, já que qualquer técnica cromatográfica é suficiente.