a pigmentação extrínseca dentária e o distúrbio do paladar são, variavelmente, os dois efeitos colaterais do uso de enxaguatórios bucais com clorexidina que limitam a aceitação dos usuários e o emprego em longo prazo desse anti-séptico em odontologia preventiva.

existem diversos agentes antiplaca mais eficazes que a clorexidina entre os produtos comerciais disponíveis no mercado.

 a odinofagia é o principal efeito colateral da clorexidina. 

a clorexidina é tão eficaz quanto os bochechos a base de nistatina para o controle da placa bacteriana.