O mecanismo de ação da clorexidina depende de sua concentração. Em baixas concentrações, apresenta ação bacteriostática por provocar aumento na permeabilidade celular e resultar no extravasamento de substâncias de baixo peso molecular do interior da bactéria.

Os óleos essenciais têm a capacidade de romper a membrana celular de bactérias, resultando em morte celular. Também causam desnaturação de proteínas e inibem a atividade enzimática de microrganismos.

O triclosan tem sido introduzido nos dentifrícios como uma forma de inibição da placa bacteriana e da gengivite e também pode ser utilizado na forma de bochechos. Sabe-se que esse efeito antimicrobiano é moderado e tem duração de aproximadamente cinco horas.

O Cloreto de cetilpiridínio (CPC) é um agente antimicrobiano catiônico, cujo mecanismo de ação é semelhante ao da Clorexidina, ambos alteram a estrutura da parede celular microbiana.

Um agente alternativo importante, atualmente muito em uso, é o dióxido de cloro (Cl2 O), que faz parte da família dos compostos clorados. O dióxido de cloro se hidrolisa em solução aquosa e a menor parte da molécula é considerada o agente ativo.