A condução dos trabalhos e a emissão de opinião da unidade de auditoria interna não dependem de autonomia técnica, mas de auditores que sejam objetivos, claros e considerem a legalidade, impessoalidade, moralidade e eficiência dos resultados.  

A independência e a objetividade não são pressupostos fundamentais para o exercício da auditoria interna, pois esta se encontra vinculada hierarquicamente à Controladoria Geral da União, nos aspectos técnico e jurídico de suas atividades. 

O responsável pela unidade de auditoria deve se comunicar diretamente com as pessoas de maior nível hierárquico, sendo livre de interferências na determinação do escopo, na execução dos procedimentos, no julgamento profissional e na comunicação dos resultados dos trabalhos de auditoria. 

Os auditores internos devem atuar de forma parcial em situações de conflito de interesses ou quaisquer outras que afetem sua objetividade ou comprometam o seu julgamento profissional, quanto aos aspectos administrativos e constitucionais. 

Os auditores internos governamentais devem atuar de forma imparcial e isenta, evitando situações de conflito de interesses ou quaisquer outras que afetem sua objetividade, de fato ou na aparência, aplicando sanções quando necessárias ao bom andamento dos trabalhos de auditoria.